Mod Organizer e mods.. non funziona nulla!

Personalmente non noto niente di strano, se per farlo partire clicchi su Run in corrispondenza di SKSE e se l'elenco di mod non sia talmente lungo da superare l'indice FF.

Mah, anche a me sembra tutto a posto ad occhio...
Sinceramente non mi è mai capitato nulla del genere quindi esperienza diretta non ne avrei, leggendo in giro di chi ha avuto problemi simili alla fine quasi tutti hanno risolto reinstallando Skyrim, tramite un'installazione pulita del gioco e in casi estremi di tutto Steam.
Per caso hai installato il gioco nello stesso hard disk che avevi sul pc vecchio o è tutto nuovo? Nel primo caso potrebbe trattarsi di qualche problema con i file di gioco in Appdata ecc. - ricordo che ebbi problemi con le mod, anche se diversi, e ripulendo quella cartella risolsi tutto.
Se è la prima installazione assoluta su questo hard disk, tanto vale provare a reinstallarlo lo stesso, se non è un problema riscaricarlo tutto. Magari prima potresti fare una verifica dell'integrità dei file tramite Steam (clic destro sul gioco nella libreria -> Proprietà -> File locali). Soluzione un po' drastica, ma anche il problema lo è alla fine, non saprei cos'altro consigliarti.

EDIT: mi è venuto in mente ora. In che percorso è installato il gioco? Molte guide consigliano di installare al di fuori di Program Files perché Windows potrebbe negare l'accesso e la scrittura a queste utility, quali Mod Organizer, che operano più o meno direttamente con la cartella di installazione del gioco. Se è installato in Program Files, potresti dover reinstallare il gioco in un'altra cartella (ad esempio, C:\Games\Skyrim\), oppure impostare le opzioni dei permessi specificamente per la cartella di Skyrim in Program Files.

Sicuramente mi sbaglio, ma:

-clicca su SKSE e premi <edit...>
-ora in Modify Executables clicca su SKSE
-controlla che in Binary il collegamento sia skse_loader.exe e non TESV.exe (immagine in spoiler)

Non posso garantirti personalmente che funzioni, ma molte guide che parlano di modding consigliano di farlo. Probabilmente soprattutto con i nuovi Windows (immagino tu abbia Windows 10) potrebbero verificarsi problemi del genere. Sul PC vecchio con Windows 7 ho sempre installato in Program Files e non ho avuto problemi simili, sul nuovo mi sono fidato della guida e ho fatto la cartella altrove e, non so se è correlato, ma anche in questo caso nessun problema.

Sì, la cosa migliore sarebbe reinstallare da capo indubbiamente, se però non ti va di riscaricare tutto c'è anche un modo per limitarti a spostare l'installazione in un'altra cartella.
A questo link trovi una guida (inglese, se dovessi avere difficoltà chiedi pure) sia per assegnare una seconda cartella d'installazione a Steam (cosa che andrebbe fatta anche se volessi solo reinstallare), sia per spostare una specifica installazione.

Mah guarda, con Mod Organizer l'ordine di installazione non dovrebbe essere un problema, perché nel momento in cui installi una mod non va a sovrascrivere niente sul momento - per quanto ne so. Al massimo puoi preoccuparti dell'ordine di caricamento, la colonna "Priority" in Mod Organizer: in genere io metto in cima a tutto le patch unofficial, poi tutte quelle mod che possono essere necessarie per altre mod (esempio: CBBE va caricata prima di eventuali armature/follower che utilizzano quel corpo).
Se anche dovessi avere problemi comunque te ne accorgerai o tramite Mod Organizer stesso, che ti darà un avviso, o in gioco quando qualcosa non tornerà; per il resto, le mod che hai al momento sono ancora pochissime quindi non dovresti avere particolari problemi.

I + e i - della colonna di sinistra ti dicono cosa sovrascrive cosa, non devi risolverli ma devi capire come ordinarli.
Mettiamo il caso che tu abbia installato le texture in hd di tutto il gioco, ma hai anche installato le texture Vivid per le rocce (e solo per quelle) perchè ti piaciono di più. L'ordine corretto sarà Skyrim - texture in hd - texture Vivid per le rocce, in modo che queste ultime sovrascrivano le seconde che sovrascrivono il gioco base. Il - comparirà in ogni caso nella mod al centro perchè quella sotto la sta sovrascrivendo, sia che le ordini in maniera corretta o sia che le ordini in maniera sbagliata.

La colonna di sinistra evidenzia solo i conflitti tra i file, da non confondere con l'ordine della colonna di destra, quello è il caricamento degli esm e degli esp all'avvio (il "load order"), conflitti con quello sono più complicati e possono essere risolti con xEdit

xEdit (TESVEdit) è un programma che se impari ad usarlo è veramente molto potente, ti permette di fare veramente moltissime cose, ma non è proprio semplice spiegarlo in cinque minuti in un post. Se ti interessa e se conosci l'inglese, c'è un manuale molto ben spiegato che gira da molti anni, lo trovi sul Nexus sia per FO3Edit che per FONVEdit, perchè è sempre lo stesso programma.

Una manciata di semplici esempi di utilizzo di xEdit: lo fai partire con tutto il tuo load order, se l'ordine degli esm è sbagliato lui non caricherà perchè lo vuole corretto, a differenza del gioco che invece si carica da solo quel che gli serve quando gli serve. La differenza è che se si è consapevoli dell'ordine corretto con cui il gioco caricherà le mod poi si parte con informazioni corrette quando si deve risolvere un conflitto.

Altro esempio, permette di modificare ogni record del gioco o di una mod, in modo da poterti fare una patch in piena autonomia perchè magari la tal armatura che hai installato è sbilanciata per la partita che stai giocando.

Altro esempio, permette di pulire i "dirty edits", record di una mod che sono identici al gioco base ma che comunque sono stati segnati come modificati, causa potenziale di un conflitto che invece poteva essere evitato.

Dentro MO, vai in alto sull'icona dell'ingranaggio. Qui, in corrispondenza di FNIS, prova a controllare che il Binary sia l'effettivo percorso suo dentro la sottocartella mods di MO, mentre Start in la cartella di Skyrim corrispondente (esempio C:\Steam\steamapps\common\Skyrim\data\tools\GenerateFNIS_for_Users)