(Prima di Clear Sky, che è di fatto il prequel della serie)
Tu e la tua squadra avete raggiunto una volta il cuore della Zona, ossia la centrale nucleare di Chernobyl, ma avete fallito nel trovare il famoso "esauditore di desideri" di cui tutti parlano a causa di una porta blindata che necessita di un codice per poter essere aperta.
Decidete di tornare indietro e rimettere assieme le idee. Tu torni alla tua base, il tuo primo compare decide di aiutare degli scienziati a fare luce su un mistero (morendo, ma lo scoprirai dopo) e l'altro del tuo gruppo, un esperto elettronico, rientra da solo a Pripjat per provare a mettere insieme un dispositivo in grado di effettuare un "brute force" della porta in questione. Anch'egli verrà ucciso, ma non si saprà mai il colpevole... resterà indietro solo la sua roba e qualche suo appunto.
(Clear Sky)
Decidi di fare una seconda irruzioni a Chernobyl, questa volta scatenando le ire della Zona e diversi casini con le fazioni: finirà male per tutti e di te si perderanno le tracce. La zona cambia per la seconda volta al fine di proteggersi dall'incursione.
(Shadow of Chernobyl)
Vieni ritrovato in condizioni disperate che ti hanno fatto un lavaggio del cervello niente male, con addosso un palmare che mostra un solo messaggio "Uccidi Strelok". Tu ancora non lo sai, ma Strelok sei proprio tu
Diverse parti della zona si sono "riattivate" a causa del tuo secondo tentativo di penetrare nel cuore della centrale nucleare, quindi alcuni NPC ti spingeranno ad esplorare queste aree e a fare in modo che tornino spente al fine di permettere nuovamente l'accesso a Chernobyl. Nel mentre tu cercherai di fare luce sul tuo passato, su "Strelok", su Zanna e Fantasma e sull'esauditore di desideri. Se farai male le tue ricerche, il gioco ti darà in pasto ad uno dei cinque finali brutti a seconda delle tue azioni di gioco... altrimenti se avrai fatto bene i compiti avrai accesso a ciò che si trova oltre quella famosa porta. I due finali rimanenti dipendono da quello che decidi di fare dopo aver oltrepassato quella porta, ma solo uno di questi è canonico e continua nel gioco successivo.
(Call of Pripjat)
Il casino da te provocato durante gli eventi di SoC destabilizza la Zona. I militari sono convinti di poter finalmente entrare e fare luce su tutto quanto ma la zona per la terza volta si difende e la situazione precipita.
Il nuovo alter-ego non sei più tu (di te si sono tecnicamente disperse le tracce), bensì un ex-stalker militare esperto della Zona. In Call of Pripjat hai il compito di evacuare il personale militare rimasto incastrato nel casino e favorirne l'estrazione, il tutto mentre provi a fare luce su una piccola parte del passato, soprattutto "cosa è intanto successo a Strelok". La Zona ha fatto intanto sì che l'accesso a Pripjat sia stato reso impraticabile, e dovrai farti frullare il cervello al fine di trovare una soluzione. Ritroverai un po' di gente interessante (tra chi è ancora vivo) e cercherai di portare a termine la missione con chi sei riuscito a recuperare / si è unito a te.
Il gioco si chiude con un epilogo in pieno stile Fallout dove viene descritto cosa è successo a posti, aree di gioco e personaggi incontrati, oltre che gettare un briciolo di luce aggiuntiva su tutta la storia.