Quindi se ho capito bene hai ripreso dei salvataggi che, a loro tempo, avevano Convenient Horses attiva senza che tu l'avessi riattivata al momento della reinstallazione? Allora sì, probabilmente il problema è proprio quella mod.
Per "ripulire" il salvataggio dalla mod devi innanzitutto riattivare la mod se al momento non è attiva e scrivere in console
Dopodiché, fai un salvataggio pulito, disinstalli la mod, ricarichi il salvataggio e fai un nuovo salvataggio, infine reinstalli la mod.
Dubito si tratti di qualche mod "per vanilla" che possa andare in conflitto con i DLC che hai ora, finché non fa modifiche ai cavalli...
Inutile arrivare fino alla quest di Shadowmere, pensavo l'avessi già e ho detto così di provare, ma non è neanche garantito che si presenti lo stesso problema o che le cose siano collegate.
Per ora direi di provare come detto sopra, ripulire il salvataggio dalla Convenient Horses vecchia e reinstallarla.